精灵宝可梦 超世代以宝可梦大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地——丰缘地区旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与丰缘地方出名的宝可梦研究家小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去。不久，住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算领取初学者宝可梦以踏上宝可梦训练家之旅。个性开朗、活泼可爱的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。却意外遇到小田卷博士被一群野生的土狼犬逼得走投无路，小遥按照小田卷博士的指挥抛出精灵球想要与土狼犬战斗，却因毫无操控宝可梦的经验反而遭到水跃鱼的水枪攻击。而终于找到皮卡丘的小智又遭遇火箭队三人组的围追堵截，为了捕捉皮卡丘，火箭队研制了一部巨大的电力吸收装置，想要吸取皮卡丘的电量。结果这台机器因为吸走了皮卡丘身上累积的多余的电量反而帮助皮卡丘恢复了正常，随后机器由于吸收电量过多而发生爆炸，火箭队被炸飞，皮卡丘也恢复健康。回到小田卷博士的研究所，小遥从三只初学者宝可梦中挑选了火稚鸡作为自己的伙伴。小遥对自行车因皮卡丘的电击而报废很不满，想找小智抱怨几句，却被小智彻夜不眠照顾皮卡丘所感动。第二天，小智正式开始在丰缘地区的旅行，为参加宝可梦联盟大赛做准备。小遥也决定与他同行。