初音岛II 第二季不枯萎的樱花树凋零了两个月后。初音岛的季节也从冬天变到了春天，音姬和由梦是本校和附属中学的最高年级生。在新学期开始的清晨，音姬怎么也催不起来由梦。一起出门后，看到了樱花行道树上的樱花再次绽开了。两人走在路上，并没有提及义之消失的话题，仿佛终于将他忘记了一样。但是在心中音姬和由梦确实的把他记住了，而且今后也不忘记。音姬在笔记本上写满了义之的名字，由梦也一个人再一次将和他约会路线走了一遍。越是想着义之的事就越伤心，但完全忘记了就更可悲。即使每天都以泪洗面，也不会忘记和最爱的人一起度过的日子。两个人都有着那样强烈的想法。不久，曾经不枯萎的樱花树也有了新花蕾，并且萌芽了。同时，在樱花树内部的樱的意识也睁开了眼睛。她看着初音岛的情况，发现这里有着不同的情况。小恋，奈奈佳，涉总觉得在他们之中缺少了什么。但只有朦胧的印象，对义之的事并不记得。樱看着音姬和由梦仍然悲伤着，并且坐立不安，樱花树已经枯萎了，没有了力量达成任何一个愿望。但这样强烈的纯粹思念带来了奇迹，回应那个愿望，于是樱花的花蕾绽放了……。
