文学少女 特别篇故事的主人公高中二年级的平凡男生井上心叶，因为过去的阴影，对人抱着冷谈的态度。然而，因为某个契机，井上心叶知道了文学少女天野远子的秘密。得知秘密的他被远子以文艺部部长的身份强制要求加入社团，并且每天被逼着写三题故事。心叶被天真浪漫的远子搞的团团转，虽然对她“这是事件哦”的台词相当头疼，心叶依旧每次帮助她解决事件。在这过程中，两人结识了竹田千爱、樱井流人、姫仓麻贵、琴吹七濑等人。心叶的心房也渐渐打开，就要走出过去的阴影时，却遇到了某个少女。然后当心叶的故事迷题解开，从过去中解放出来之时，心叶却背叛了远子，而远子也背叛了他。千爱、流人、一诗、七濑、麻贵，还有心叶……。当他们的故事因为温柔善良的文学少女告一段落时，属于文学少女的故事开始撰写，而伴随着文学少女的故事，心叶等人的运命，再次开始轮转……