序章（第1~5集） 距离霸天虎最后一次攻击地球已经过了将近三年，在这段时间内，汽车人一直的等待着，直到他们其中一分子：飞过山的死亡，以及在内华达州贾斯珀镇遇上三位人类少年后，汽车人及霸天虎之间的战争亦再度展开。另一方面，在这三年间一直失踪的霸天虎领袖─威震天亦带着黑暗能量晶体回归，并企图以这和已亡的赛伯坦人尸体制成的不死军队来消灭汽车人。到了最后，汽车人毁灭了地球轨道内的太空桥，而威震天亦和从太空桥穿越到此地的僵尸军队一同消失在爆炸中，而红蜘蛛亦自立为新的霸天虎领袖。 在威震天失踪后，自立为新霸天虎领袖的红蜘蛛招来了几个新的霸天虎，并引发了许多事件以摧毁汽车人和找出其总部。 同时，他亦从伤痕累累的威震天的胸口内找到了黑暗能量晶体的碎片，并企图霸占剩下来的，最后一块完整的黑暗能量晶体。但是，这些行动都随着曾控制大黄蜂的行动，并顺利复活的威震天打破了，同时这亦令威震天开始对红蜘蛛出现戒心。 与此同时，汽车人有了人类敌人M.E.C.H.，一群为了称霸而捕捉变形金刚的恐怖组织，而打擊和阿尔茜先后成为活体实验品，目前正进行“合成兽计划”。霸天虎的女性成员黑寡妇因故迫降在地球，短暂和M.E.C.H.联手对付阿尔茜。后来原本打算搜集坠落在地球上的所有赛伯坦武器来对付博霸天虎，但之后重回霸天虎。 及后，红蜘蛛虽然从威震天手中取得宇宙能量晶体，但是却无法组成自己的不死军队，接连发生的事件 - 预定被威震天处死(后来威震天手下留情)、声波的监视告密、黑寡妇的背叛与歧视让他只好自立门户。与此同时，一系列古老的事件亦揭示了一个事实，那就是赛伯坦上毁灭的化身：宇宙大帝已经复活，同时企图毁灭他所寄宿的地球。为了阻止宇宙大帝的行动，擎天柱和威震天合作深入其核心，但面对其力量之下，最终擎天柱只好释放收容在体内能源宝的力量再度封印其意识。 最后，失去了所有作为擎天柱时的记忆，变回奥利安的他被威震天带走，并只留下一脸愕然的阿尔茜等人———...展开
