皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。
危急关头，皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等，大家共同商议如何对付白客公司。同时，白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战，夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。
舒克贝塔终于找到恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓住，在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来做实验。在白路的帮助下，舒克等人得以逃脱。没想到科学家潜入白客公司，控制了老板，大战一触即发。
科学家与舒克白路等展开对抗，激战中贝塔也被缩小。科学家占据上风，要求用恢复芯片交换白路。害怕被舍弃的白路连夜逃走。第二天科学家打上门来，白路良心发现回到机场，但斗争后科学家再次得胜，带着白路乘坐航母离开。皮皮鲁恢复了正常大小，被送回人类医院救治。
科学家来到克里斯王国，打算缩小猫公民们帮他生产芯片。老国王等人派出军队殊死抵抗，舒克贝塔等也前来救援。科学家缩小了部分猫公民，给他们打了听话针。一番战斗后，舒克等拿到了听话针的解药。
老鼠科学家利用悬浮芯片，让王宫拔地而起。科学家威胁舒克贝塔听话，否则就要摔死大家。舒克、贝塔、琪琪、白路等携手作战。大决战开始，舒克贝塔对战科学家，白路保护皇宫，老国王等带领民众奋勇抵抗。一番搏斗后，舒克等终于联手制服了老鼠科学家。科学家野心破灭，被关押在了克里斯王国。舒克贝塔等用解药将大家恢复了原样。迷途知返的白路得到了克里斯王国的勋章，双方重归于好。舒克贝塔开启了新的冒险旅程。...展开