妖怪学园Y ~第N类接触~パワーアップできる新兵器を作ってもらおうと、Y研に相談しに来たジンペイたち。するとクウカが新型のYSPウォッチ「URウォッチ」の存在を明かすが、まだ開発中だという。代わりに、学園内に潜む宇宙人を見つけ出せる装置「Nビーコン」を試してみてほしいと、クウカはジンペイとラントたちにそれを託す。さっそく全生徒が通過する校門前と本校舎前にNビーコンを設置し、様子を見るシンペイたち。ところが、数日経ってもまったく反応がない。そんななか、マタロウがひらめいて・・・?! はたして、ナユを操る宇宙人をあぶり出すことはできるのか?